Идея такая (речь только про структуру базы-таблиц плюс служебные данные по необходимости).
Есть некая структура базы.
Хочется создать новую таблицу или модифицировать существующую.
Нужен скрипт, который хранит новую структуру. Этот скрипт должен проанализировать текущее состояние дел, найти различия в структуре таблиц и проапгрейдить таблицы до желаемого состояния.
Тогда все укладывается в рамки СКВ - модифицируется один скрипт.
Как бонус, этот скрипт послужит делу при апгрейде сайта (движок, скрипты) до новой версии.
Здешний форум (mwforum) имеет именно такой скрипт, при обновлении движка он запускается (правда вручную и один раз) и приводит структуру базы к нужному состоянию, анализируя изменения, вносимые от версии к версии (там должны пройти разные виды обновления).
Ну а в остальном, сайтовый движок (скрипты) должен сам работать с самими данными и предоставлять возможность вносить изменения и удалять данные.
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda