Недавно собрал рейд из двух хардов абсолютно разного производителя, полет нормальный, правда собирал на FreeBSD gmirror на рабочей системе без потери данных. Мета данные райд на хард добавляются без последствий. Кстати там можно при сборке установить round-robin - режим распределения нагрузки между жесткими дисками включенными в RAID или например load -  в этом режиме чтение происходит с жесткого диска с наименьшей загрузкой, prefer - установка приоритетов чтения/записи осуществляется вручную, split - разбивает запросы чтения на разные устройства(жесткие диски), для ускорения работы. Не знаю есть ли что подобное в Linux, сам пользуюсь md и вроде не видел, а так можно было бы поиграться с режимами. Еще была у меня M/B работала норма, но потом теряла харды, так что в биосе не видно, мать свежая, БИОС последний и прочее, в общем пришлось харды в SATA150 перевести и все стабилизировалось. Но это отступление....

По делу - может быть хард, может быть мать (некорректная работа с SATA к примеру.). Советую еще хард прогнать тестом, например - MHDD, даже если все сектора здоровы, возможно очень много секторов со скоростью чтения >500мс, отсюда длительные задержки и как следствие проседание скорости.
Ну и напоследок, как с температурой у хардов, она одинаковая? У "больного" харда может наблюдаться жар , это тоже тревожный звоночек. В общем я больше к накрывающемуся харду склонен.

На скорость чтения можно еще так проверить: или только осторожно советы такие на боевой машине применяй Еще СМАРТ-СМАРТОМ, но есть утиля на беды проверяет (опять же в однопользовательском): v - показывать подробно. Но все же, дабы не навредить, проверил бы отдельно хард MHDD или Виктория, утили все можно найти на HBCD.