Во-первых, надо прочитать CHANGES_AND_HINTS.TXT
Там описаны добавленные/удаленные пакеты по сравнению с предыдущей версией.
Т.е. смотря с какой версии идет апгрейд, надо почитать последовательно соответствующие CHANGES_AND_HINTS.TXT
Во-вторых, почитать UPGRADE.TXT
В-третьих, действовать так:
1) удалить удаленные пакеты;
2) проинсталить добавленные или измененные(по именам) пакеты.
3) проапгрейдить проинсталенные пакеты;
Это относительно слаквари.

Ну или постоянно жить на current ветке. Тогда все изменения по пакетам читать (постоянно) в ChangeLog.txt

В других - не знаю (