
Есть такая интересная штука, которая называется зависимости пакетов. Суть идеи в том, что для установки какого либо пакета зачастую приходится установить дополнительный пакет (и не один!, очень часто необходимые для ее работы библиотеки). Так вот, при обновлении пакета нужно обновить и соответствующие зависимые пакеты (а от версии к версии дистра и glibc и пр.).
Заметь, что иногда имена пакетов могут быть разными (типа 0.9.4-4.lvn5) и иногда запрос через rpm может ничего не вернуть, если говорит что пакета нет, но есть сомнения, то ищи пакет сам и смотри его полное имя, а потом уже смело удаляй вместе с его зависимостями.
И не удаляй файло вручную, это плохой тон.