Ндя.
У тебя именно полное непонимание. До неумения дело еще не дошло
По порядку.
iptables 1.2.7a - устарели. Необходимо обновить до версии 1.2.11 (желательно штатным для дистрибутива методом - обновлением пакета, хотя если потребуется патчить исходники - то заодно новую версию и скомпилишь)
Исходники - да, исходные тексты программ
runme - это скрипт, который делает всю "черную" работу накладывания патчей на исходники ядра и (при необходимости) iptables
Исходники ядра изначально лежат в архиве. В распакованом виде лежат в /usr/src (например /usr/src/linux-2.4.28 и создана символическая ссылка на этот каталог с именем linux)
Т.е. /usr/src/linux должен содержать исходники ядра (для 2.4.x - примерно 150-200 мегабайт)
>KERNEL_DIR=<<where-you-built-your-kernel>> \
>IPTABLES_DIR=<<where-the-source-of-iptables>> \
>Что делают эти команды?
Эти команды присваивают переменным значения. Скрипт runme по этим переменным находит исходники.
Для конфигурирования ядра необходимо в каталоге /usr/src/linux запустить команду make menuconfig
PS. Возьми ты наконец практически любую книжку по линуксу и почитай общие принципы.
По конфигурированию-компиляции-инсталляции ядра почитай /usr/doc/Linux-HOWTOs/Kernel-HOWTO (или аналогичный в твоем дистре)
"No! Try not! Do. Or do not. There is no try." -- Yoda